任何手術都有風險，雷射近視手術也不例外。
1.乾眼症：在準分子雷射術或半飛秒術中，由於雷射切斷了眼表的神經，使得眼表知覺下降，眨眼的頻率降低，眼睛就會出現乾眼的症狀。這種情況一般會持續1~6個月，其間滴人工淚液，慢慢就會恢復。
2.眩光：很多人術後，白天視力好，晚上看東西變模糊，看的東西周圍有光暈，這種現象在醫學上叫「眩光」。大部分眩光是術后角膜水腫引起的，一般三個月內消退。此外，角膜過薄、瞳孔較大者，也容易出現眩光。
3.角膜瓣位移：準分子和半飛秒雷射近視手術後，角膜瓣會像一片花瓣一樣，由未切斷的「蒂」連接在眼表，因此，一旦眼睛受外傷或撞擊，有可能出現角膜瓣的移位。所以術後前期一定要注意。
降低近視雷射後遺症手術後出現的問題一般可分為兩種情況：一是近視本身導致的問題；二是跟近視眼相關的一些眼部疾病。近視眼本就容易發生眼部疾病，尤其是高度近視，容易引起變性、裂孔、黃斑等，建議要定期檢查眼睛，防範於未然。
至於 少數患者表示術後出現眩光、重影、夜視力下降、眼乾等情況，專家表示，眩光是可以避免的，這跟患者瞳孔大小有關，如患者瞳孔夜間直徑大到6毫米，而如果在做度數時，雷射打了直徑5毫米的範圍，那就等於這個「鏡片」沒有蓋住他的瞳孔，周圍就會有光漏進來，這就是眩光。但是現在隨著技術的發展，比如虹膜定位和波前像差等設備都異常精密，一般不會出現這種情況。
眼睛手術後是否會再近視，需衡量3大因素。
1.患者使用眼睛的習慣。若長時間近距離用眼、使用電腦不休息等，都可能造成近視反彈。
2.若手術前的度數不穩，例如：患者在2～3年內度數有持續增加的趨勢，就不適合手術。因此，未滿18歲或眼睛尚未發育 的患者，建議暫時不要接受手術。
3.與原本近視度數的深淺有關。手術前，近視度數愈高，較易反彈；度數低則較不易。不過，多數患者近視反彈的度數，不會影響日常生活的視力。
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